卯时（清晨六时），太鼓齐鸣，毛利元就下达了突击命令，二千兵马直冲陶的本阵。变起仓促，陶军狼狈不堪，陶晴贤急命回身向山顶进攻，反而引发更大的混乱。此时，混过敌军防线登陆的小早川军从正面向塔之冈发起冲锋，宫尾守军也开城杀出，腹背受敌的陶军很快处于崩溃的边缘。
此时海面上的冲家水军势，以能岛的村上武吉为总帅，分三番进攻敌水军势。第一番先以乱箭开道，穿插分割敌阵；第二番用火箭驱敌；第三番以秘传的火药烧毁敌船。最后才是武者船的白刃相攻。陶氏水军的混乱凄惨程度，比之陆地战场实在有过之而无不及。
战至午后一时，陶军终于全面崩溃。此战元就所以能够取胜，很大一点因素，与其后的桶狭间合战非常相似，那就是：因为地形的狭窄，使陶氏两万陆军无法铺开，人数众多不但不成其为优势，反而直接成为混乱的源泉。
上午六点，战斗打响了。毛利军2000余人对陶军本阵展开了突袭。毫无防备的陶军立刻陷入混乱。小早川的部队也与宫尾城士兵一起夹击围城的陶军，使其溃不成军。
与此同时，海上的战斗也展开了。村上率领着强悍的水军，先将陶水军劈开，然后用火矢点燃敌船，还向敌船投掷威力巨大的火药，陶水军经不住打击，纷纷弃船登陆而逃。
陆上陶军经几番的冲击，已陷入总崩溃的状态。士兵们无视陶晴贤的大声呵斥，争相向岸边逃去，与败退的水军相撞，又引发了更大的混乱。由于陶军士兵数量多，在狭小的空间内没有回转的余地，因此自相践踏伤亡的不计其数。
到了下午2时，陶军已阵亡4700余人，其他无路可逃的陶军开始散入岛上各处小路、山岭。毛利隆元始终追击着陶晴贤不放。眼见如此大的溃败，陶晴贤一度打算冲入毛利军战死，被三浦房清死命抱住。以三浦的想法，如果逃到登陆时的大浦元，总可以找到船，只要逃出严岛，就有扳回的希望。于是三浦殿后，护送陶晴贤向岸边撤退。但是小早川隆景知道陶晴贤的去向后，立即也对其展开追击，追上并杀死了三浦房清。陶晴贤赶到岸边后，没有一艘船的影子，而追兵已至。心灰意冷的他准备自尽时，他的协差被弹开了。
“谁？！”跟随陶晴贤杀出重围的十名武士纷纷握紧了佩刀盯着加藤段藏和四名忍者。
“上杉家家臣加藤段藏参见陶晴贤大人。”加藤段藏为了使陶晴贤等人放下戒备，带着四名忍者把手中的忍刀收起。
“远在会津的上杉家还是在越后的上杉家？”陶晴贤虽然才35岁，但是还是非常的年轻，丝毫看不出。要是不知道的旁人看他绝对是二十岁！
“会津上杉家家督修理大夫朝定，派我等前来解救陶晴贤大人，快走吧。”加藤段藏示意四名中忍赶紧把藏在附近的两条帆船拉出。
“这船？！”陶晴贤的武士们纷纷看到了被忍者拉出的小帆船，他们看到了希望。
“抱歉，这两艘船也是从贵军手下夺来的，要是再晚一部就要被毛利的人给烧了。”加藤段藏也是差点和四名忍者困在这里。
“事不宜迟，可恶的毛利！”陶晴贤放弃了自尽，他想到了要是自己死了大内家就没有了未来！
“请！”加藤段藏示意忍者们准备投掷烟雾弹。
“boon”随着十几声的爆炸声，岸边到处弥漫着浓浓的烟雾。就这样，陶晴贤和加藤段藏等十几人就在数千毛利军的眼皮子底下逃离了严岛。可以说，没有了毛利军的追击但是还有村上水军。
值得碰巧的是，村上水军还在协助毛利军追缴残余的大内军，而陶晴贤他们就这样战战兢兢的回到了周防国内。到10月3日清晨，吉川元春消灭了顽强抵抗的弘中隆包父子的500余人后，这才基本结束了这场历时数日的决战。
这场决定毛利、陶两家命运的大战以毛利方的获胜而告终，但是毛利赢得如此之惊险，陶军在兵力占绝对优势下败的如此之狼狈，都是战国时期难得一见的经典战役。毛利以不到敌五分之一的兵力取得完胜的战绩也只有织田信长在桶狭间合战的表现可与之相媲美。
随着陶家在严岛的惨败，防长丰筑掀起了离反的风潮。元就更是抓住这个机会展开防长攻势，将大内义长逼死在且山城。毛利家取代了大内家在中国地区的地位，而尼子随着晴久的去世和幼君义久的继位走上了灭亡的不归路。自此，西国地方的战国历史翻开了新的一页。
等到陶晴贤等人回到了富田若山城时，毛利元就依旧以最快的的速度继续行军！不少的豪族、大内家家臣直接倒戈毛利！当陶晴贤得知了大内义长的死后，不禁跪着流下了泪。
“父亲大人，儿臣已经把所有的仆人侍女全部遣散了。”陶长房知道吉川元春的军势已经快到了这里。
“大人，请到会津！我家主公早已料到了贵军的惨败，我们上杉家会帮助。。。。。”就在加藤段藏还准备继续说下去时，陶晴贤抓住了他的衣领。
“那为什么不早说！我大内家两万大军就这样全军覆灭了！”陶晴贤不甘心啊！连自己效忠的大内家都已经灰飞烟灭了。
“父亲大人，西国已经是毛利的囊中之物了，我们还是去会津躲一躲吧。”陶长房可不想在这里丧命，他要离开这里。
“恩，无可奈何了，既然已经在严岛死过一次了，那就去会津吧。”陶晴贤无奈的和陶长房带着心腹家臣二十人乔装打扮后，和加藤段藏等六名忍者踏上了去会津的路。但是，从周防国去安艺国的路已经不可能了，只有往九州去，然后乘船去四国！不过，随行的人还加了一个女子，她就是别称阿国的陶小芝。
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