倭占苏禄群岛匪患甚炽，特别是在吕宋岛上一下子伤亡了近30名少将衔以上高级军官，群岛守军指挥系统已经瘫痪。急调去应付危局的三本大将又遭遇空难玉碎殉国了，驻岛部队损失也十分惨重。倭国军界一片不安。
倭皇非常着急，寝食难安。在倭国访问的准女婿邬尔滨来看望他道：“前辈，又遇上烦心的事儿了吧。听说你们在苏禄群岛上又打起来了。在那一溜溜荒岛子上争来夺去的有何取处呀。您又不想去建设它，即便是要建设，您的钱又从何而来？您眼下还在太平洋上打着仗，顾得过来么。您还用了20万军队去守着那些蛮荒地儿，真是个拖累，还和那些造反的土著匪人们开了仗，听说已经死伤了8万多人和不少将官，真可惜了将士们的性命，是在徒耗战争资源呵。我看就您就不如放弃了那地儿，收紧拳头，重点抓好新几内亚岛的建设和防卫才要紧。”裕仁一听，觉得这话虽然直率，但也有几分道理，就召集了众臣探讨这件事儿。
陆军司令土肥源、陆军牟田口廉也大将、海军南云忠一上将等人主张坚决剿灭苏禄群岛的匪乱。厚生省管野兼吾大臣却道：“能够平定苏禄群岛的匪乱当然好，但就必须增兵，十万八万的可能又一下子消耗进去了。可是我们的兵源已经十分紧缺，投入到那片地儿值么？我们已经损失了8万余人、90架飞机、120余艘大小舰船。倘若是撤离的活，还可以保住群岛驻军的一半实力，转移到太平洋主战场上去。”东条英机叹道：“那苏禄群岛西面是华夏的南海，咱们的航母进不去，群岛本来就不好守。岛上守军又失去了空中屏障，东面的航母只能用舰载机在沿海进行支援性攻击，效果不佳。这群岛咱们真是占来容易，失去得也快。都是那可恶的南亚国，倘若没有他们的支持，苏禄群岛的匪乱就不会愈演愈烈。这个局面已经不好收拾了。几面作战是兵家大忌，太平洋战场才是重点……还是从苏禄撤兵吧！”[bsp; 驻苏禄群岛的倭军渐次撤向了澳大利亚东北部和新几内亚岛，祥鹤号航母舰队也从苏拉威西海南撤到了班达海。群岛遂被苏禄自卫军所占领。颂甲带领昆明号航母舰队驶向了巴林塘海峡，镇住了吕宋岛的外海。苏禄自卫军以苏加洛的名义宣布：成立苏禄自治政府，归附华夏国，加入亚联储。华夏联合政府立即表示愿意接收。那美国的罗斯弗闻讯后十分恼怒：“美国在太平洋上拼死拼活，华夏国却在那一边乘火打劫，咱们被倭国强占的那苏禄群岛殖民地实际上不就被华夏国又收回去了么，咱真是猫搬饭甑替狗干呀！”华夏国他一时还惹不起，甚至还有求人之处。”他进而对倭国更加痛恨，遂下令对倭军加紧攻击。
李先、刘兵、巩毅、苏明扬、赵依曼、邓筱平等人赶到了光复后的马尼拉。3月25日，马尼拉自卫军总司令部里，刘兵代表军委会宣布：成立苏禄军区，由李永奇升任军区上将司令；王小毛升任军区装甲军中将司令；胡焕先升任军区少将副参谋长。刀承志升任军区炮兵少将司令；周遇春升任棉兰老岛驻军少将司令；远山见地升任马尼拉空军基地少将基地长；金日旭升任少将警备司令；齐路登升任海域巡防师大校师长；华建明升任大校警察局局长。黄红安升任市公安局长。负伤的高秀之晋升为中将衔。追认戴立为大将、米贤得为上将衔。组建第43集团军，朱良财升任上将集团军长，三个军的军、师长由武装部队总部调配任命，干部和20万兵员迅速调集到位。苏明扬宣布空47师进驻吕宋岛、空69师进驻棉兰老岛。
武装部队总司令林镖布署道：成立苏禄陆海空联合作战司令部，由李永奇任司令，朱良财任副司令，空军作战部少将副部长苏永乐、海军作战部少将副部长栗德礼调任副司令。司令部着即配齐人员运作。43集团军1、2军驻守吕宋岛；第3军驻守棉兰老岛。原各基地部队改编为地方警备部队。
海军副总司令、三军联络部部长罗刚宣布：苏禄海、苏拉威西海海域划归麦德龙南亚舰队防守，下辖王祖铭天龙号、曾廷发重庆号、林育清武汉号、许定国飞虎号4支航母舰队。飞虎号驻防苏禄海、天龙号驻防苏拉威西海、重庆号驻防爪哇海、武汉号在新加坡外海驻防。南亚航母舰队依托新加坡、坤甸、马辰、山打根几个海军基地，北接台湾岛，形成一个南亚海防的链条。迅速建立棉兰老岛达沃、萨马岛奥拉士、吕宋岛阿帕里3处海军基地。在宿务岛建立南亚潜艇基地，任命姜海生为苏禄潜艇大队少将基地长。
政务院院长邓小筱平宣布：成立苏禄行政区。任命王林为行政区长官，苏加洛任政协主席兼民族顾问；蒋山任副长官兼财政厅长；王春兰任行政区工商联主席兼马尼拉市市长；吕宋岛中科迪勒拉山基地长木智勇任奎松市市长。坎拉翁基地长乔世发任达沃市市长。又任命了10余座大中城市的市长。要求各地各部门人员马上配齐，即日起开始办理公务。
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